南京市第一医院(南京医科大学附属南京医院、中国药科大学南京市第一医院)，是卫生部首批三级甲等综合性医院。南京医科大学第三临床医学院、南京市心血管病医院、国家高级卒中中心、国家药物临床试验机构、国家首批心脏移植准入医院、国家首批工伤康复试点机构、国家良性前列腺增生健康管理基地、卫生部冠脉介入培训基地、中国心脏冠脉搭桥外科医师培训基地、卫生部内镜诊疗技术培训基地、国家卫计委临床药师培训基地、国家卫计委外周血管介入培训基地、国家卫计委住院医师规范化培训基地、江苏省卫计委住院医师规范化培训基地、江苏省卫计委全科医生培训基地、江苏省卫计委全科医生培养省级示范临床基地、江苏省卫计委专科护士培训基地、中华医学会麻醉分会气道管理培训基地、江苏省心血管药物临床试验服务中心、江苏省冠心病诊疗中心、江苏省核和辐射突发事件定点洗消医院、江苏省紧急医学救援基地、南京市糖尿病防治中心、南京临床核医学中心、南京红十字眼库等均设在该院。

　　2005年起联合南京市、苏北及安徽地区17家二级医院成立“南京市第一医院集团”;在江苏、安徽、湖北等省各大中型医院建立心脏病、糖尿病、骨科、普外科、康复科、眼科、介入和妇产科等诊疗分中心136个，输出优势医疗技术。2013年，医院在全省范围内首家通过英国保柏集团的“管理质量服务(MQS)”银级认可;2018年，获得英国BSI公司从香港签发的ISO9001质量管理体系认证证书。2014年复旦大学医院管理研究所发布《2013年度中国最佳医院综合排行榜》，医院首次入选“中国医院百强榜”，在最佳专科排行榜上，呼吸科、心血管病、老年医学科均获得最佳专科提名;在香港艾力彼医院管理研究中心发布的“2013中国省会市属·竞争力100强”排行榜中，位列第3位，在“2015中国医院竞争力·顶级医院100强”排行榜中，位列第95名;在中国医学科学院医学信息研究所发布的“2014中国医院科技影响力排行”的百强榜中，医院名列第98名。2017年，医院荣获“全国文明单位”称号。